공소청 출범으로 검찰청 소속이었던 파견 검사들의 신분 문제가 불거지며 주요 재판에서 공소 유지 자격 논란이 발생했다. 법원은 파견 명령의 효력에 대한 법적 근거가 불명확하다는 이유로 일부 재판을 중단하거나 특검보가 직접 변론에 나서는 등 혼선을 빚었다.
"형사소송법 개정에 따라 검찰청이 공식적으로 폐지되고 공소청이 출범한 첫날인 2일, 특별검사팀에 파견된 검사들의 공소유지 자격을 두고 법정에서 혼선이 빚어졌다."
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